Η σημαντικότερη κατά πολλούς ερευνητές πόλη της νοτιοδυτικής Κρήτης κατά την ελληνιστική και ρωμαϊκή περίοδο, η Έλυρος είναι κτισμένη στο λόφο «Κεφάλα», 500 μ. νοτιοδυτικά του οικισμού Ροδοβάνι Σελίνου. Υπήρξε μία από τις μεγαλύτερες πόλεις στο νησί, με τον πληθυσμό της να ανέρχεται στα 16000 άτομα και να διπλασιάζεται μάλιστα κατά το απόγειό της. Ήταν ανεξάρτητη, με δικό της νόμισμα και είχε στην κυριότητά της δύο λιμάνια, τη Λισσό και τη Συία, πάνω στην οποία βρίσκεται ο σημερινός παραθαλάσσιος οικισμός της Σούγιας. Η ύπαρξη αυτών των λιμανιών είχε καταστήσει την Έλυρο μία ισχυρή εμπορικά πόλη, η οποία όμως δεν περιχαρακώθηκε αποκλειστικά στο εξαγωγικό εμπόριο, καθώς ασχολήθηκε και με την κατασκευή όπλων.

Κατά την ελληνιστική περίοδο υπήρξε μέλος της «Ομοσπονδίας των Ορείων», μαζί με τις άλλες γειτονικές πόλεις Υρτακίνα, Λισσό, Ποικίλασσο και Τάρρα. Ήκμασε από τον 5ο αι. π.Χ., ενώ δύο αιώνες αργότερα βρέθηκε σε εμπόλεμη κατάσταση με την ανταγωνίστριά της στο βορρά, την Κυδωνία. Κατά την αυτή περίοδο, τον 3ο αι., η Έλυρος έστειλε στο Μαντείο των Δελφών ένα χάλκινο σύμπλεγμα, που αναπαρίστανε μία γίδα που θήλαζε τους ήρωες Φυλακίδη και Φίλανδρο, γιους του Απόλλωνα και της νύμφης Ακακαλλίδας. Το 183 π.Χ. αναφέρεται μεταξύ των πόλεων που υπέγραψαν συμμαχία με τον Ευμένη Β΄ της Περγάμου. Η παρουσία της συνεχίστηκε κατά τα ρωμαϊκά χρόνια, ενώ στην πρωτοβυζαντινή περίοδο αποτέλεσε έδρα Επισκοπής. Το τέλος της επήλθε κατά την αραβοκρατία, οπότε και καταστράφηκε από τις επιδρομές των Σαρακηνών.