Σημαντική πόλη κατά την αρχαιότητα, η Λισσός βρίσκεται σε όρμο, δυτικά της Σούγιας Σελίνου. Ήταν επίνειο της Ελύρου και κατά την περίοδο της ακμής της, στα ελληνιστικά χρόνια, έκοψε δικό της νόμισμα, το οποίο από τη μια πλευρά παρίστανε την κεφαλή της θεάς Άρτεμις και από την άλλη ένα δελφίνι. Είχε επίσης δικό της θέατρο, θερμά λουτρά και το περίφημο Ασκληπιείο, που προσέλκυε πλήθος προσκυνητών χάρη στα ιαματικά νερά της περιοχής. Ο ναός του Ασκληπιού ανασκάφτηκε το 1957-1960, ενώ πλούσια ευρήματα της ελληνιστικής κυρίως εποχής, όπως τα αγάλματα του Ασκληπειού, της Θεάς Υγείας και του Πλούτωνα, κοσμούν σήμερα το Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων. Η αρχαία αυτή πόλη διατηρήθηκε κατά τα ρωμαϊκά και πρωτοβυζαντινά χρόνια και παρήκμασε με την εισβολή των Αράβων τον 9ο αι. Ο αρχαιολογικός χώρος εντυπωσιάζει για τη νεκρόπολη και τους καμαροσκέπαστους τάφους, το ναό του Ασκληπιού με το μερικώς σήμερα σωζόμενο ρωμαϊκό ψηφιδωτό δάπεδο, αλλά και για τους δύο βυζαντινούς ναούς, των Αγίων Κηρύκου και Ιουλίττης και της Παναγίας που οικοδομήθηκαν πάνω στα ερείπια της αρχαίας πόλης.