Από τις σπουδαιότερες στην αρχαιότητα πόλεις - κράτη της δυτικής Κρήτης, τα Άπτερα είναι κτισμένα σε πλάτωμα ενός λόφου, που δεσπόζει νοτιοανατολικά του κόλπου της Σούδας. Ιδρύθηκε τον 7ο αιώνα π.Χ. και καταστράφηκε από ισχυρό σεισμό σε συνδυασμό με τις επιθέσεις των Σαρακηνών το 823 μ.Χ. Για την ονομασία της υπάρχουν διάφορες εκδοχές. Κάποιοι ερευνητές την αποδίδουν στον γιο του Κύδωνα, Απτέρα ή Πτέρα, που υπήρξε ο ιδρυτής της, ενώ κατά άλλους, ονομάστηκε έτσι από τις Σειρήνες που κατέστησαν «άπτεραι και λευκαί» μετά την ήττα τους στον αγώνα με τις Μούσες. Σύμφωνα μάλιστα με τον θρύλο, έπεσαν στη θάλασσα και έτσι δημιουργήθηκαν τα νησιά «Λεύκαι» στον κόλπο της Σούδας.

Ο χώρος στον οποίο ήταν κτισμένη της προσέφερε εξαρχής μια προνομιακή θέση σε σχέση με τις άλλες πόλεις, καθώς της εξασφάλιζε τον έλεγχο όλης της θαλάσσιας εμπορικής δραστηριότητας στον προαναφερθέντα κόλπο, με τα δύο λιμάνια, τον Κίσσαμο και τη Μινώα (στις σημερινές τοποθεσίες Καλύβες και Μαράθι αντίστοιχα), που είχε δημιουργήσει στις δύο πλευρές της εισόδου του. Τόσο οι γραπτές πηγές, όσο και τα αρχαιολογικά ευρήματα μαρτυρούν ότι ήκμασε στους πρώιμους ελληνιστικούς χρόνους (τέλος 4ου - 3ος αι. π.Χ.), εποχή κατά την οποία άρχισε να κόβει δικό της νόμισμα. Κατά τους ρωμαϊκούς χρόνους στράφηκε στην ανάπτυξη της αγροτικής παραγωγής και έκτοτε συνέχισε τη λειτουργία της χωρίς κάποια ιδιαίτερη ακμή οικιστικά ή οικονομικά. Ο αρχαιολογικός χώρος είναι ιδιαίτερα σημαντικός, με θεμέλια οικιών, λαξευτούς τάφους και μεγάλες θολωτές δεξαμενές να αναδεικνύουν την σπουδαιότητα του αρχαίου αυτού οικισμού. Ιδιαίτερα εντυπωσιακό είναι το μικρό θέατρο που ανέδειξε η αρχαιολογική υπηρεσία, καθώς και τα αγάλματα, οι επιγραφές, οι επιτύμβιες στήλες και τα κεραμικά που σήμερα εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων.
Μέσα στον αρχαιολογικό χώρο κτίστηκε τον 12ο αι. η Μονή του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου, μετόχι της ομώνυμης μονής της Πάτμου, και το 1866-1869 ένα τουρκικό φρούριο, το Παλαίκαστρο.