Το Αρχαιολογικό Μουσείο Κισάμου υπάγεται στην ΚΕ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων και στεγάζεται στο ενετοτουρκικό μνημείο της Κισάμου, το οποίο είναι σήμερα γνωστό ως «Διοικητήριο». Κατά την ενετοκρατία το κτήριο βρισκόταν έξω από το βενετσιάνικο κάστρο, ωστόσο κατά τη διάρκεια της οθωμανικής κυριαρχίας το κάστρο επεκτάθηκε και περιέλαβε μέσα στη διάμετρό του το συγκεκριμένο κτήριο. Σήμερα αποτελεί ένα από τα βασικότερα αξιοθέατα της δυτικής πλευράς του νομού Χανίων, με εκθέματα που επιτρέπουν στον επισκέπτη να έχει μια διαχρονική εικόνα της ιστορίας της περιοχής από την προϊστορική εποχή μέχρι τους παλαιοχριστιανικούς χρόνους. Η έκθεση είναι χωρισμένη σε ενότητες, με χρονολογικά και τοπικά κριτήρια, και είναι κατανεμημένη στο ισόγειο και τον όροφο του κτιρίου.