Ένας από τους πιο επιβλητικούς σπηλαιώδης ναούς στην Κρήτη, η Αγία Σοφία στα Τοπόλια Κισάμου αποτελεί μοναδικό θέλγητρο για τουρίστες και προσκυνητές από όλο το νησί. Σε υψόμετρο 285μ., το σπήλαιο διανοίγεται στα δυτικά τοιχώματα του φαραγγιού των Τοπολίων και αποτελείται από δύο αίθουσες σε διαφορετικά επίπεδα. Το ανώτατο ύψος του φτάνει τα 20 μ., η είσοδος του έχει άνοιγμα 25 μ. και στο εσωτερικό του περιλαμβάνει ποικιλόμορφους σταλακτίτες και σταλαγμίτες. Στην αριστερή του πλευρά είναι κτισμένο το εκκλησάκι της Αγίας  Σοφίας, το οποίο κατά την παράδοση κρύβει στα ενδότερά του την εικόνα της Μεγάλης Εκκλησίας της Κωνσταντινουπόλεως. Ο χώρος αυτός χρησιμοποιήθηκε ήδη από τα αρχαία χρόνια ως χώρος κατοίκησης ή λατρείας. Ο διακεκριμένος Γάλλος αρχαιολόγος P. Faure ανέφερε ότι ανακάλυψε όστρακα που ανάγονται στη νεολιθική, κλασική και ρωμαϊκή περίοδο, ενώ το 1963 ο Sinclair Hood ανακάλυψε ένα πήλινο ειδώλιο του τέλους του 4ου αι. π. Χ. και κεραμική νεολιθικών, πρωτομινωικών, υστερομινωικών ΙΙΙ, κλασικών, ελληνιστικών και ρωμαϊκών χρόνων.