Πριν ακόμα την επίσημη ανακήρυξη της Αυτόνομης Κρητικής Πολιτείας, όπως χαρακτηριστικά ονομάστηκε το νεοσύστατο κράτος που αποκήρυσσε την κυριαρχία του σουλτάνου, οι επαναστατικές αρχές που προλείαιναν το έδαφος για το νέο καθεστώς ήλθαν αντιμέτωπες με φλέγοντα ζητήματα της Εκκλησίας της Κρήτης. Το 1897 πέθανε ο μητροπολίτης Κρήτης Τιμόθεος Καστρινογιαννάκης και τον επόμενο χρόνο το Οικουμενικό Πατριαρχείο εξέλεξε ως διάδοχό του τον επίσκοπο Λάμπης και Σφακίων Ευμένιο Ξηρουδάκη, έναν ικανό ιεράρχη, αλλά μη αποδεκτό από την επαναστατική κυβέρνηση. Η τελευταία αρνήθηκε να τον αναγνωρίσει ως προκαθήμενο της Εκκλησίας, επειδή δεν είχε ακόμα καθοριστεί το καθεστώς της Κρητικής Πολιτείας και, ενόψει της μετάβασης από την κυριαρχία του σουλτάνου στην αυτονομία (στις 9 Δεκεμβρίου του 1898 έφθασε ο ύπατος Αρμοστής για να αναλάβει και επίσημα τη διοίκηση του νησιού), δεν ήθελε σε καμία περίπτωση να αποδεχτεί έναν μητροπολίτη που θα εγκαθίστατο με σουλτανικό βεράτι.
Αντιθέτως, οι επαναστάτες ήθελαν η εκλογή αυτή να γίνει από τη Σύνοδο της Εκκλησίας της Ελλάδος, έτσι ώστε η πράξη αυτή να αποτελέσει κατά κάποιο τρόπο de facto αναγνώριση της ποθούμενης εν τέλει πολιτικής ένωσης του νησιού με την Ελλάδα. Έτσι, δημιουργήθηκε το λεγόμενο «μητροπολιτικό ζήτημα», το οποίο θα λυθεί δύο χρόνια αργότερα, με το νόμο 276/1900 της Κρητικής Πολιτείας. Σύμφωνα μ’ αυτόν, ο μητροπολίτης εκλεγόταν από το Οικουμενικό Πατριαρχείο και αναγνωριζόταν από την Κρητική Πολιτεία. Το Πατριαρχείο διατήρησε την εμπιστοσύνη του απέναντι στο πρόσωπο του Ευμενίου και ο τελευταίος ενθρονίστηκε ως κανονικός μητροπολίτης στις 14 Μάιου 1900. Ο παραπάνω νόμος αποτελούνταν από 166 άρθρα και δημοσιεύτηκε στην Επίσημη Εφημερίδα της Κρητικής Πολιτείας ως καταστατικός πλέον χάρτης της τοπικής Εκκλησίας.
Ο καταστατικός αυτός χάρτης θεσμοθετούσε την κανονική λειτουργία της επισκοπικής Συνόδου με οκτώ κυρίαρχους ιεράρχες στις περιφέρειες τους. Ο μητροπολίτης και οι επίσκοποι του νησιού συγκροτούσαν την Επαρχιακή Σύνοδο, που συνερχόταν μία φορά τον χρόνο με την παρουσία άνευ ψήφου ενός κυβερνητικού επιτρόπου. Με τη νομική ισχύ που αποκτούσε, ο νόμος επέφερε σημαντικές αλλαγές στο οργανωτικό σχήμα της Εκκλησίας, ιδιαίτερα στη λειτουργία των επισκοπών. Η επισκοπή Χερρονήσου καταργήθηκε και προσαρτήθηκε στη μητρόπολη, η επισκοπή Αρκαδίας μετατέθηκε στην περιοχή της Μεσσαράς, με έδρα τους Αγίους Δέκα, και η επαρχία Βιάννου υπήχθη στην εκκλησιαστική δικαιοδοσία του επισκόπου Πέτρας. Ο ίδιος νόμος περιόριζε κατά πολύ τη λειτουργία των μοναστηριών. Σύμφωνα μ’ αυτόν, όσες μονές είχαν λιγότερους από έξι μοναχούς κρίνονταν άμεσα διαλυτέες, ωστόσο δεν είχε τελεσίδικη ισχύ. Με νεώτερο νόμο, τον 553 της 17ης Ιουλίου 1903, οι μονές που είχαν τουλάχιστον έξι μοναχούς αποκτούσαν διοικητική αυτοτέλεια και όλες οι υπόλοιπες γίνονταν εξαρτήματά τους.
Κατά την επανάσταση του Θερίσου το 1905 η πλειοψηφία των ιεραρχών, πλην του μητροπολίτη Ευμενίου, είχε ταχθεί στο πλευρό του Βενιζέλου. Αρκετοί επίσης ιερείς είχαν υποστηρίξει το κίνημα, όπως ο αρχιμανδρίτης Ιάκωβος Πλουμής από το Ρέθυμνο, ο π. Βασίλειος Παπαδάκης από τον Άγιο Κωνσταντίνο Ρεθύμνου, ο π. Στέφανος Προβατάκης από τις Αγίες Παρασκιές Ηρακλείου και ο αρχιμανδρίτης Χρύσανθος Τσεπετάκης, σχολάρχης του ιεροδιδασκαλείου της Αγίας Τριάδας στα Χανιά, ο οποίος αποπέμφθηκε από τον ίδιο τον πρίγκιπα Γεώργιο μαζί με άλλους καθηγητές της σχολής. Η επανάσταση επικράτησε και με το νέο Σύνταγμα (άρθρο 37), που ψηφίστηκε το 1907, κατοχυρωνόταν εκ νέου το εκκλησιαστικό καθεστώς.